Lucy Pierce cresceu acreditando que ela teve uma infância normal até descobrir artigos antigos sobre o desaparecimento da "Baby Victoria". Um caso de abdução de alto perfil que ocorreu quando ela nasceu.

As Tartarugas Ninja têm que voltar a enfrentar o vilão Shredder, que planeja usar o mesmo líquido verde usado para criá-las para produzir novos mutantes, que serão usados para atacar os humanos e a elas próprias.

Um cetro mágico comprado pela jornalista April O’Neill acidentalmente a transporta a para o Japão do século XVII. As Tartarugas Ninja também viajam no tempo no intuito de salvá-la, mas Michelangelo se perde do grupo. Para reencontrá-lo e salvar April, Donatello, Raphael e Leonardo precisam ajudar uma vila a enfrentar o malvado Lorde Norinaga.